La recherche de parenté et établissement de phylogenèses
La comparaison de caractères homologues
Caractères morphologiques et anatomiques : ils permettent d’établir la notion de structures homologues : ce sont des structures qui dérivent d’une même structure ancestrale. Au cours de l’évolution, ces structures ont subi des modifications, appelées innovations évolutives ou états dérivés, par rapport à l’état premier dit ancestrale.
Liens de parenté révélés par les homologies moléculaires : Fondée sur le même principe que pour l’étude des caractères macroscopiques. Les états dérivés de ces caractères moléculaires correspondent donc aux différentes séquences résultantes des mutations qui ont affecté au cours du temps la séquence initiale ancestrale. Le nombre de différences observées entre deux séquences est d’autant plus grand que l’ancêtre commun aux deux espèces est éloigné.
Les relations de parentés sous forme d’arbre
Principe de construction d’un arbre phylogénétique : construit à partir des données anatomiques, moléculaires… l’arbre présente des degrés de parenté lus ou moins étroit entre les espèces. Plus l’ancêtre est proche et plus leur parenté est étroite
Les nœuds, des ancêtres communs hypothétiques : ils sont virtuels, pas des fossiles ! On appelle clade ou groupe monophylétique, un ensemble d’être vivant et leur ancêtre commun.
Les branches, des liens évolutifs : Elles débouchent sur des espèces connues actuelles aux fossiles. Classification monophylétique implique que des clades. Certains taxons ne sont pas monophylétiques (Poissons)
Arbres et données moléculaires : elles apportent des données complémentaires aux critères anatomiques. Elles permettent d’établir des distances entre les espèces : le nombre de différences observées entre deux séquences est globalement considéré comme proportionnel au temps écoulé depuis la divergence de l’espèce.